Berawal tahun 2000 dengan visi membentuk insan kamil didirikan Taman Kanak Kanak Islam Terpadu Permata dibawah naungan Yayasan Pengembangan Infaq (YPI) Bina Madani meminjam gedung TPQ yang di kawasan Empunala Gang Wiryo. Dari sebuah gang sempit inilah cikal bakal berdirinya SIT Permata di Kota Mojokerto dimulai.
"Sekolah SIT Permata adalah sekolah yang bersih dan rapi. Murid-muridnya sangat antusias untuk belajar tentang wawasan kebangsaan. Kepada lembaga SIT Permata, bekali anak-anak dengan akhlak yang mulia dan cegah pengaruh negatif masuk ke lingkungan sekolah. Untuk murid-murid SIT Permata, Raihlah cita-citamu setinggi mungkin, apapun profesi yang kamu impikan."Lettu Arh Suminto, Danramil 0815/19 Magersari Kodim 0815 Mojokerto
"SIT Permata adalah sekolah potensial yang diminati masyarakat dan mudah-mudahan SIT Permata bersama Yayasan Permata Mojokerto menjadi lembaga yang memberikan kontribusi peningkatan kualitas mental dan moral anak-anak Mojokerto, sukses selalu, jaya dan berkembang terus."Dra. Christina Indah Wahyu Widayati, Apt, Msi, Kepala Dinas Kesehatan Kota Mojokerto
"Kita akan identikkan Kota Mojokerto dengan 4 icon, yaitu Onde-onde, TPA Randegan, Alon-alon dan SIT Permata.” Beliau juga berkata: “Pendidikan di SIT Permata luar biasa."Amin Wachid, Kepala Dispendik Kota Mojokerto
"Saya selalu menaruh perhatian kepada SIT Permata untuk terus meningkatkan layanan pendidikan menuju generasi yang berkualitas, bermoralitas dan berintegritas kepada agama."KH. Drs. Mas’ud Yunus, Walikota Mojokerto 2013-2018